苯并异噻唑啉酮属于生物合成抑制剂之一，是一种杂环化合物。主要是非氧化性杀菌剂。杂环上的活性部分与细菌蛋白质中的碱基形成氢键，并吸附在细菌的细胞上。从而破坏细胞中 DNA 的结构并使其失去复制能力。最终，杀死细菌。

杀菌机理是苯并异噻唑啉酮通过细胞膜和细胞壁进入细菌，与细胞内的含硫成分发生反应。然后杀死细菌。

苯并异噻唑啉酮最重要的生物活性是在细菌中杂环上的 S、N 和 O 基团与蛋白质的 DNA 碱基之间形成化学键。这会破坏细胞内 DNA 的结构，使其无法复制并导致细胞死亡。因为细菌细胞的 DNA 是裸露的（原核生物），而人类细胞的 DNA 是包膜的，所以它的生物活性是选择性的。

所有苯并异噻唑啉酮都含有活性的N—S键，它会与细胞膜中含有—SH基团的蛋白质、酶或氨基酸反应开环，然后与细胞膜或细胞中所含的氨基和巯基、氨基酸和氨基化合物反应，从而破坏细胞的正常代谢，抑制或杀死细胞。